Другий з’їзд Атомпрофспілки України, відбувся 22 травня 1997 року, на якому було підбито підсумки роботи профспілки за п’ять років, визначено завдання на перспективу, внесено зміни та доповнення до Статуту Атомпрофспілки.

Президією ЦК профспілки розглядалося питання заборгованості по декілька разів на місяць та на пленумі ЦК, направлялися чисельні звернення до вищих органів влади та до Президента України. Проводилися акції протесту і в містах-супутниках АЕС, і в Києві. У результаті погасити заборгованість 1998 року не вдалося, проте заборгованість не зросла порівняно з 1997 роком. Заробітна плата хоч і несвоєчасно виплачувалася, але в цілому за рік її було виплачено сповна. Початок першого етапу акцій протесту 27 вересня. У Києві 29 вересня відбувся вуличний похід атомників. На переговорах з урядом підписано протокол домовленостей. Президія ЦК профспілки 14 жовтня прийняла рішення про початок другого етапу акцій протесту, попередньо провівши переговори з урядом. Відбулася 1 грудня в нарада у першого віце-прем’єр-міністра України А. Голубченка, на якій підписано протокол домовленостей. 22 грудня Атомпрофспілка звернулася до Президента України та до профільного комітету Верховної Ради з пропозиціями про вихід з кризової ситуації.

Атомпрофспілка отримала статус безпосереднього представництва у робочій комісії з ведення переговорів щодо розробки проекту Генеральної угоди між Кабінетом Міністрів і Конфедерацією роботодавців України та профспілками і профспілковими об’єднаннями України на 1999 — 2000 роки. 16 лютого прийнято рішення про відновлення колективних дій опору владі і затверджено план організаційних заходів. 18 лютого у столиці відбувся вуличний похід працівників атомних електростанцій та пікетування Кабінету Міністрів. Представники Атомпрофспілки провели переговори з першим віце-прем’єр-міністром України В. Куратченком. 24 лютого проведено другий етап акцій протесту. 27 лютого відбулася зустріч представників Атомпрофспілки з першим віце-прем’єр-міністром України В. Куратченком. 3-4 березня проведено трудовий арбітраж щодо колективного трудового спору між керівництвом Національної атомної енергогенеруючої компанії «Енергоатом» та трудовим колективом. 5 березня відбулася зустріч представників Атомпрофспілки з Прем’єр-міністром України В. Пустовойтенком, на якій прийнято протокольні рішення. Створено спеціальну комісію з контролю за своєчасністю та повнотою розрахунків за електричну, теплову енергію, газ та вугілля. Прийнято рішення про погашення протягом 10 днів бюджетної заборгованості з фінансування 1-го і 2-го блоків ЧАЕС. 6 березня проведено мітинг, участь в якому взяли близько 12 тисяч працівників атомних електростанцій. 11 березня відбулася зустріч представників Атомпрофспілки з Прем’єр-міністром України В. Пустовойтенком. Підсумовувалося виконання протоколу наради у Прем’єр-міністра від 5 березня. 22 березня відбулася зустріч представників Атомпрофспілки з Президентом України Л. Кучмою. 19 травня затверджено положення про Фонд солідарності, формування якого здійснювалося впродовж 2000 року. 3-5 листопада у місті Дурбані (Південно-Африканська Республіка) на Конгресі ICEM прийнято запропоновану Атомпрофспілкою резолюцію «Участь міжнародного співтовариства у вирішенні проблем усунення наслідків аварії на ЧАЕС». На конгресі голову ЦК Атомпрофспілки О. Юркіна затверджено віце-президентом ICEM та президентом Регіональної організації ІСЕМ по Східній Європі, Центральній Азії та Закавказзю, що включає 48 профспілок чисельністю більш як 8 млн. осіб. Уперше за час існування НАЕК «Енергоатом» до складу правління компанії обрано профлідера ЧАЕС, голову профкому О. Лича.