З 1993 року стосунки Атомпрофспілки з Держкоматомом, Мінчорнобилем та Мінмашпромом України почали будуватися на основі тарифних угод, які в подальшому перейменовано в галузеві угоди. 9 вересня, враховуючи постійні спроби вилучити майно санаторіїв з управління профспілки та для закріплення колективної форми власності на це майно на базі санаторіїв «Горный» і «Прикарпаття» створено закрите акціонерне товариство «Атомпрофоздоровниця». Засновниками АТ в особі ЦК Атомпрофспілки стали профспілкові організації атомної галузі. Грудень. Президією ЦК Атомпрофспілки для підвищення організаційного рівня роботи, поліпшення інформаційного забезпечення прийнято рішення про створення інформаційної системи профспілки Атоменергопрому України на базі комп’ютерної мережі і технології електронної пошти.


Н а VII пленумі ЦК Атомпрофспілки 23 лютого 1994 року розглянуто питання про необхідність передачі медико-санітарних частин галузі Держкоматому України. 25 березня проведено установчу конференцію з приводу заснування в Атомпрофспілці секції «Молодь». 7 червня урядом прийнято постанову №370 «Про медичне забезпечення працівників атомної енергетики та промисловості». Незважаючи на наполягання Атомпрофспілки, постанову, однак, не було виконано до 1996 року. 10 жовтня ЦК Атомпрофспілки разом з іншими галузевими профоб’єднаннями України ініціював проведення пікетування уряду з причин відсутності соціального захисту трудящих в умовах лібералізації цін та ігнорування укладених з профспілками домовленостей. 28 грудня після неодноразових (протягом 1992-1994 років), звернень до різних інституцій з метою закріпити своє право на управління соцстрахуванням в галузі постановою правління Фонду соцстраху Атомпрофспілці надано таке право — складено список національних галузевих профцентрів, яким правління Фонду затверджує бюджети.