Через два тижні після проголошення Незалежності України, за ініціативи голів профкомів атомних електростанцій та НВО «Прип’ять» 6 вересня 1991 року, утворено Раду профспілкових організацій АЕС та НВО «Прип’ять». 12 вересня Раду профспілок АЕС та НВО «Прип’ять» прийнято до складу Федерації незалежних профспілок України. 23 січня 1992 року ініціативна група голів профкомів атомних електростанцій та НВО «Прип’ять» скликала установчий з’їзд, що заснував профспілку працівників атомної енергетики та промисловості України, визначив основні напрями роботи, обрав керівні органи профспілки. За дорученням делегатів першого установчого з’їзду Центрального комітету Атомпрофспілки надіслано перше звернення Президенту України Л. Кравчуку з питань зняття мораторію на будівництво нових атомних електростанцій, безпечної роботи атомної галузі, прийняття закону про ядерну енергетику, медичне обслуговування атомників, згортання відповідних навчальних закладів тощо.

Від 6 лютого одержано підтвердження Ради Федерації незалежних профспілок України, що лікувально-оздоровчі заклади «Горный» та «Прикарпаття» є власністю галузевої профспілки і не входять до складу загальнопрофспілкового майна. 9 червня ЦК профспілки створено страхову компанію «Енергополіс» для соціального захисту членів профспілки, розвитку повного комплексу страхових послуг. З 1994 року АСК «Енергополіс» член Торгово-промислової палати України, рекомендована підприємцям як надійний партнер. У січні 1997 року президія ФПУ прийняла постанову «Про надання АСК «Енергополіс» ексклюзивного права на страхування». 22 липня створено добровільне спорттовариство «Атомспорт». 4 листопада ЦК Атомпрофспілки направив звернення до Верховної Ради та Кабінету Міністрів України про занепокоєння профспілки ставленням держави до атомної енергетики, кризою цінової політики, зниженням життєвого рівня працюючих у галузі, що впав нижче рівня середньої заробітної плати по промисловості. Зазначені вимоги взято урядом до уваги, регулярно переглядався згодом мінімальний розмір зарплати, піднімався рівень індексованої її частини.