IV з’їзд Атомпрофспілки прийняв нову програму дій 2007-2012 роки, яка спрямована на покращення життя членів профспілки на період між з’їздами, визначає роль і місце її в нових соціальних і політичних умовах, у взаємовідносинах із законодавчою і виконавчою владою, політичними партіями, рухами, громадськими організаціями, профспілками і профспілковими об’єднаннями України, а також міжнародними профспілками, з роботодавцями і підприємцями на галузевому та виробничому рівнях.

В основу своїх взаємовідносин Атомпрофспілка покладає політику соціального діалогу з власником або уповноваженим ним органом, організаціями роботодавців чи безпосередньо з роботодавцями, а за потреби — противаги їм. Профспілка співпрацюватиме з органами влади, політичними силами, рухами, громадськими об’єднаннями, з усіма, хто виступає та здійснює дії на захист соціально-економічних інтересів людини праці.
З метою реалізації пріоритетних завдань щодо посилення захисту трудових, соціально-економічних прав та інтересів членів профспілки Атомпрофспілка домагатиметься:
Атомпрофспілка намагається реалізовувати функцію соціально-економічного захисту трудящих через:

У період між з’їздами Атомпрофспілка продовжуватиме роботу з введення консультацій та колективних переговорів з внесення змін та доповнень до діючих галузевих угод з Міністерством України з питань надзвичайних ситуацій та у справах захисту населення від наслідків Чорнобильської катастрофи, Міністерством палива та енергетики України таразом з іншими всеукраїнськими (галузевими) профспілками з Міністерством промислової політики України, а також з укладення нових галузевих угод із зазначеними центральними органами державної виконавчої влади.